zoeken binnen de website

Farmaceutische industrie ontdekt Linked Open Data

door: Frits de Jong | 11 juni 2014

Linked Open Data (LOD), waarmee aan de hand van internationale standaarden samenhang in informatie wordt aangebracht en inhoud meer betekenis krijgt, wordt zo langzamerhand ook ontdekt door de wat minder voorspelbare branches. Bijvoorbeeld door de farmaceutische industrie.

Linked Open Data

Op 25 juni wordt in Hilversum de slotbijeenkomst gehouden van PiLOD 2.0, een door Geonovum uitgevoerd pilotproject rondom Linked Open Data. Met LOD wordt samenhang in informatie aangebracht waardoor inhoud meer betekenis krijgt, en zoekresultaten nauwkeuriger worden. Een van de sprekers tijdens de bijeenkomst is Herman van Vlijmen van Janssen Pharmaceutica, een bedrijf in een branche waarin de voordelen van LOD steeds meer worden ontdekt.

In de industrie is Linked Open Data nog een relatief onbekend fenomeen. Tot voor kort ook in de farmaceutische industrie. “Dat verandert echter snel”, aldus Herman van Vlijmen, geneesmiddelonderzoeker bij Janssen Pharmaceutica. Van Vlijmen is ook actief binnen OpenPHACTS, een publiek-private samenwerking met als doel om het ontwikkelen van medicijnen goedkoper en sneller te laten plaatsvinden. OpenPHACTS is opgezet binnen het kader van het Innovative Medicines Initiative (IMI) van de Europese Unie. “OpenPHACTS is ontstaan omdat meerdere farmaceutische bedrijven beseften dat ze zo’n complex systeem beter samen konden ontwikkelen. Door dit als IMI-project te starten konden de beste academische- en industriële experts op het gebied van Linked Open Data erbij betrokken worden.”

Vragen

De keus van Janssen Pharmaceutica voor LOD en OpenPHACTS was een logische, zo schetst Van Vlijmen: “We waren ons bewust van het feit dat er in het publieke domein veel nuttige databases bestonden die niet met elkaar konden praten, en ook verschillende nomenclaturen voor bijvoorbeeld genen en eiwitten gebruikten. Daarbij kregen we ook steeds meer interne databases van verschillende typen experimentele informatie. We konden deze databases alleen apart gebruiken, terwijl ze inhoudelijk wel gerelateerd zijn. Zonder Linked Open Data konden we de meest interessante vragen niet stellen, namelijk die vragen die meerdere databases tegelijkertijd kunnen bevragen. Intern hadden we een project gestart om een aantal databases te koppelen, toen we van OpenPHACTS hoorden. Daarna zijn we vrij vlot consortiumpartner geworden.”

Leermomenten

Echt grote problemen is Van Vlijmen niet tegengekomen met OpenPHACTS. “Bij dit soort projecten zijn de details altijd lastig. Databases van verschillende wetenschappelijke specialismen gebruiken vaak andere nomenclatuur voor hetzelfde concept, en het vereist veel detailwerk om dit op elkaar af te stemmen. Daarnaast zijn publieke databases niet altijd even ‘publiek’. Dat betekent dat er goede afspraken gemaakt moeten worden. Ook zijn de implementatie van de database en de tools om deze te ondervragen geen eenvoudige systemen om in elkaar te zetten. Daar komt nog bij dat het OpenPHACTS-consortium uit veel verschillende partijen bestaat, met allemaal een iets andere doelstelling, terwijl er wel veel beslissingen genomen moeten worden. Ik denk dat het OpenPHACTS-project, maar ook veel andere IMI-projecten, een enorm goede impact hebben op het samenwerken tussen de farmaceutische industrie, ondernemers en academische groepen. Daarnaast zijn de farmaceutische industrieën (in ieder geval de onderzoekers) gemakkelijker gaan samenwerken. Heel leerzaam!”

Andere industrieën

Van Vlijmen gelooft dat LOD, en de stappen die OpenPHACTS heeft gemaakt, zeker kopieerbaar zijn naar andere industrieën. “Inhoudelijk zullen andere industrieën andere data en datastructuren hebben, maar ik denk dat het proces wat we gevolgd hebben een goed model kan zijn voor andere industrieën. Ook kan de technische implementatie zonder al te veel veranderingen in andere industrieën gebruikt worden.”

Op vrijdag 25 juni wordt in Hilversum (Beeld & Geluid) de slotbijeenkomst PiLOD 2.0 gehouden.

tags:

Reactieformulier

De met een * gemarkeerde velden zijn verplicht. U ziet eerst een voorbeeld en daarna kunt u uw bijdrage definitief plaatsen. Uw e-mailadres wordt niet op de site getoond. Reacties zonder achternaam worden verwijderd. Anoniem reageren alleen in uitzonderlijke gevallen in overleg met de redactie. U kunt bij de vormgeving van uw reactie gebruik maken van textile en er is beperkt gebruik van html mogelijk.